Terletak di Dusun Dondongan, Jagalan, Banguntapan, Bantul, makam ini menjadi bagian tak terpisahkan dari berdirinya Yogyakarta. Di kompleks makam ini, pendiri Kerajaan Mataram Islam, Panembahan Senopati berserta keluarganya dimakamkan. Dikelilingi oleh tembok kokoh dan pintu gapura tempat masuk kompleks makam ini memiliki ciri khas arsitektur budaya Hindu. Untuk memasuki makam ini, pengunjung harus mengenakan busana adat Jawa yang dapat disewa di tempat serta tidak boleh memotret bagian dalam makam. Disamping kompleks makam, terdapat tempat pemandian "Sendang Seliran" yang dibangun oleh Ki Ageng Pemanahan dan Panembahan Senopati. Selain itu, Terdapat pula Masjid Kotagede yang masih menjadi bagian dari sejarah.